מעל 50 פיגועים יצאו מג'נין בתקופה האחרונה, ובדרג המדיני החליטו לצאת למבצע לחיסול קיני המחבלים בעיר. בשעה 1:00 הלילה ניתן האות והחלה תקיפה אווירית על מוקד אחוד של ארגוני המחבלים בעיר, במקביל החלו כוחות רבים של צבא להכנס לעיר ולאגף אותה.
דובר צה"ל תא"ל דניאל הגרי התייחס הבוקר (שני) למבצע שהחל הלילה בעיר ובמחנה הפליטים ג'נין שבצפון השומרון, וכינה אותה "פשיטה חטיבתית שממוקדת למחנה הפליטים ג'נין". לדברי הגרי, המבצע הוא "חלק מהפעולות שביצענו ונבצע לפגיעה במוקדי הטרור במחנה הפליטים ג'נין. לא באנו לכבוש את מחנה הפליטים וזה לא מבצע נגד הרשות הפלסטינית -אלא נגד המחבלים שממררים את חיי התושבים. גם המנגנונים הם לא יעד למבצע ואנו משתדלים להיות מתואמים איתם". הוא הוסיף כי "כלל הכוחות מאגפים את מחנה הפליטים מכל הכיוונים".
.
הגרי ציין כי "פגיעה במחבלים, מעצור מבוקשים והגעה למעבדות מטענים – כל אלו יפגעו בג'נין כעיר מקלט. בשנתיים האחרונות 50 פיגועים יצאו מג'נין ו-19 מחבלים ברחו לעיר להסתתר בה". הוא תיאר את השתלשלות המבצע הלילה: "מהלך הפתיחה החל ב-1:10 בתקיפת חמ"ל אחוד לפלגי הטרור עם מחבלים, שהיה בלב מחנה הפליטים מסביב למתחמי אונר"א – מרכז חלוקת מזון, ביה"ס ומרפאה.
.
"לאחר מכן, תקפנו עם מספר כטמ"מים מחבלים ומכולת מטענים. זה יצר הפתעה בשטח כי האויב חשב שלא נדע על מיקום ריכוזי האמל"ח. זה גרם לנו לשמור על ביטחון כוחותינו ולהקטין את החיכוך. כעת, כוחות חטיבת הקומנדו, צנחנים וגולני נעים בשטח ותופסים מבנים מסביב למחנה הפליטים. במבנים הוסתרו מטעני חבלה כמארב לכוחות, אך הם לא הופעלו בגלל מהלך הפתיחה שבלבל את המחבלים".
.
בארגוני המחבלים בעזה, חמאס והג'יהאד האיסלאמי החלו באיומים להגיב בירי טילים. בצה"ל ערוכים גם להתפתחות הזירה הדרומית, ומערכות ההגנה האווירית הועמדו בכוננות.